案例解析

1.生物的适应性

基于RADseq数据，利用GWAS和Fst outlier两种分析方法发现了与蝴蝶翅膀模式相关的loci，揭示了蝴蝶对生长环境的适应机制。

2. 种群进化历史

三刺鱼不同种群的有效种群大小（Ne），并结合最小等位基因频谱，讨论9个地理种群可能经历的种群瓶颈事件。

3) 群体结构

利用RAD-Tags的分析方法对蚊子的群体结构进行了探讨，发现基于SNP分型数据构建的系统谱系树与蚊子的生长环境基本对应，出现细微偏差的原因很可能在于蚊子生长环境的不同以及人为活动的干扰。

参考文献

[1]Nicola J. Nadeau, Mayte Ruiz, PatricioSalazar, et al. Population Genomics of Parallel Hybrid Zones in the MimeticButterflies, H. Melpomene and H. Erato. Genome research, 2014. .

[2]Anne L. Ferchaud, Michael M. Hansen. TheImpact of Selection, Gene Flow and Demographic History on Heterogeneous GenomicDivergence: Threespine Sticklebacks in Divergent Environments.MolecularEcology, 2015. .

[3]Kevin J. Emerson, Clayton R. Merz, JulianM, et al. Resolving Postglacial Phylogeography Using High-ThroughputSequencing. PNAS, 2010..

8、结果展示

1、遗传图谱结果

         共有XX个标记，总图距为XXcM，平均图距为XXcM。详见下表：

表10 遗传图谱评估统计

注：Average_distance(cM)=Genetic_distance(cM)/Bin_num

用MapDraw绘制连锁图，连锁群分布如下图。

图 遗传连锁图谱

2、群体历史

群体历史主要关注物种在历史上的动态变化及其原因。群体历史研究内容包括物种历史有效群体大小，群体分化时间，群体间基因流三个方面。常与考古学和人文地理知识相结合。使用 DIYabc 软件（ Gutenkunst et al., 2009）分析 XX 物种的群体历史。

图XX物种的群体历史

注：纵坐标是群体发展的时间（单位：千年）；有效群体大小用宽窄来表示，越宽表示有效种群大小越大；箭头表示基因流方向，箭头旁边的数字表示基因的迁移率，蓝色方框代表pop1，褐色代表pop2，灰色代表它们的祖先种。

　样本要求

　常见问题

1、RADseq的测序覆盖度要求？

回答：利用reference Mapping的方法进行的RADseq分析，在基因组完整程度较好的情况下，测序覆盖度的要求较低（<1x）；而利用de novo分析则需要更深的测序覆盖度（10-20x）。

2、RADseq测序中Reads的长度？

回答：Long reads或者Pair-end reads在RADseq技术中拥有更多的优势，包括locus的识别度，旁系同源的污染排除，重复序列等等。尤其针对那些没有参考基因组且基因组重复序列比例较高的物种而言，Long reads和Pair-end reads优势更为明显。