案例解析

文章题目：Dynamics and Stabilization of the Human Gut Microbiomeduring the First Year of Life

作者: Bäckhed F, Roswall J, Peng Y, et al

发表期刊：Cell Host&Microbe

发表时间：2015年

背景介绍：肠道微生物对于人类健康至关重要，但是生命早期微生物的结构是如何建立的这个问题还没有被深入研究。使用宏基因组分析大量的婴儿和母亲，文章研究了生命早期的肠道微生物特征以及其与分娩方式的关系。

材料： 98个母亲和初生婴儿的肠道微生物

测序平台：Illumina Hiseq2000

测序方法：构建宏基因组文库，PE100测序，共产出1.52Tb的数据，平均3.99GB/sample

结果：

共有373个MetaOTUs注释到种，其余317个代表与已知种相关的新的种，厚壁菌门和拟杆菌门是最多的，随后是放线菌门和变形菌门。大部分从新生儿中得到的MetaOTUs同样也在母亲中发现，丰度呈现逐渐增加的趋势

MetaOTUs系统发生树

PCoA分析表明：样本根据年龄进行聚类，12个月的新生儿与母亲最相似

PCoA主成分分析

顺产新生儿包括细菌：肠球菌、埃希氏杆菌属/志贺氏杆菌属、链球菌属、和罗氏菌属，表明相对富氧的肠道环境

4个月新生儿肠道菌群的特征属：双歧杆菌属、乳酸菌属、柯林斯菌属、Granulicatella、韦荣球菌属，表明肠道氧浓度逐渐减少，并且增加生产和利用乳酸的能力，此时的饮食主要是母乳

不同时期肠道菌群特征属（signaturegenera）相对丰度热图

结果展示

Read碱基质量分布图

GC含量分布

GO注释

COG注释

物种分类注释

系统发育树

样本要求