动植物群体细胞Hi-C测序
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1.   技术简介 

动植物群体细胞Hi-C技术源于染色体构象捕获(Chromosome Conformation Capture—3C)技术,以整个细胞核为研究对象,利用高通量测序技术,结合生物信息学方法,研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系;通过对染色质内全部DNA相互作用模式进行捕获,获得高分辨率的染色质三维结构信息,并与ChIP-seq、转录组数据联合分析,从基因调控网络和表观遗传网络来阐述生物体性状形成的相关机制。

2.   技术路线 

3.   分析内容 


4.   方案设计 

建库类型

Hi-C文库

测序类型

HiSeqPE150

测序数据量建议

测序深度:60XPE50/180XPE150



1.   样本要求 

样品

具体要求

样品类型

动物细胞/植物应使用适宜的环境培养,需要进行甲醛交联固定

样品需求量

动物样本5×10^6个细胞能够满足制备一个标准的Hi-C文库,对应的DNA量为15ug,根据文库数目计算总样本量;

样品浓度

植物样本2-3g叶片鲜重可以制备一个Hi-C文库,对应得DNA量为15ug,根据文库数目计算总样本量

取样要求:新鲜活体植株上的目标组织,推荐取较为幼嫩的叶片、根毛,茎等部位,便于充分交联

植物样本类型

1.样本处理:细胞应使用适宜的培养环境培养,需要进行甲醛交联固定

2.样本运输:大体积干冰运输

植物样本类型

1.交联后细胞/组织样本

2.交联后细胞核样本

3.未交联新鲜植株


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